Ioan Sigismund, fiul reginei Isabella Jagiellon, s-a trezit rege al Ungariei încă din primul său an de viață (1540). El a fost numit de nobilimea maghiară în sfidare față de interesele împăratului habsburgilor, Ferdinand I. Cele două imperii reiau conflictul. Soliman Magnificul mută primul pe tabla de șah a războiului, transformă Ungaria în pașalâc (1541) și trimite regina (Isabella) în Transilvania cu titlul de principe acordat fiului său. 

Au urmat aprox. 10 ani de guvernare complicată asigurată de către Isabella împreună cu cardinalul Martinuzzi în numele micului prinț. Ambii aveau proiecte diferite privind viitorul Ungariei.

Din momentul în care a putut să-și ia propria soartă în mâini, domnia lui Ioan Sigismund a stat sub semnul permanentei sale contestări de către tabăra care susținea interesele Habsburgilor asupra Regatului Ungariei la care principele nu a renunțat niciodată. Acest scenariu politic în care a trebuit să joace l-a adus în situația de a se alia cu Imperiul Otoman, o alegere câștigătoare care l-a ajutat să își păstreze teritoriile asupra cărora domnea. Acest lucru a fost definitiv stabilit după Tratatul de la Adrianopol (1568) care a pus capăt războiul dintre Casa de Habsburg și otomani.