Protestantismul a apărut în sec. al XVI-lea în Europa și s-a extins neuniform pe întregul continent. Această ramură nouă a creștinismului își dorea o reformare profundă a Bisericii Catolice. Cel mai mult era contestat modul facil de a obține iertarea păcatelor printr-o simplă plată dată Vaticanului (indulgențe). Părintele Reformei a fost Martin Luther (1483-1546), teolog și profesor la Wittenberg (Germania). 

În Occident, alfabetizarea a fost mult stimulată de Reformă după principiul lui Luther că “fiecare om trebuie să poată citi Biblia”. 

Popularitatea Reformei a schimbat cauza războaielor europene. Acum ele erau motivate mai ales religios. Ioan II Sigismund a dat un edict de toleranță (la Turda, 1568)  care să calmeze spiritele în Transilvania. Legea decidea ca „nimeni să nu fie ocărât pentru religie de nimeni” şi permitea predicatorilor să își mărturisească propria credință fără a fi în pericol. 

Ioan II Sigismund a încurajat răspândirea Reformei în Transilvania. Nu știm dacă din convingere, dar putea fi și un mod de a-l sfida pe împăratul Habsburgilor, un catolic convins. 

În 1567, Ioan al II-lea Sigismund a lansat o politică de introducere a Reformei în rândul credincioșilor români din Transilvania, numindu-l pe Gheorghe de Sângeorz superintendent al bisericilor românești. Apare obligația preoțimii ortodoxe de a ține slujbele în limba valahilor.

În ”Cartea Reformei” (1543), umanistul brașovean Johannes Honterus (1498-1549) afirmă că școlile înființate pretutindeni din banii comunităților au ajuns într-o stare degradată iar reformații au intervenit pentru a se asigura că tinerii cu aplecare spre învățătură vor avea unde să studieze. Cartea vorbește despre un program sistematic al reformaților de a înființa școli în toate orașele transilvănene. Honterus propune secularizarea averilor mănăstirilor catolice pentru întreținerea săracilor, pe motivul că nu mai aduc folos.